合肥市新站环境保护局是受市环保局委托在新站综合开发试验区设立的派出机构。主要职责是：
一、贯彻执行国家环保法律法规和方针政策，对辖区内的环境保护工作实施统一监督管理。
二、负责拟定辖区内环境保护规划和计划；参与制定开发区经济和社会发展中长期规划、年度计划。
三、负责组织实施各项环境管理制度，监督管理辖区内大气、水体、噪声（不包括建筑噪声）等方面的污染防治工作。
四、负责按分级审批规定对辖区的新建、扩建、改建项目环评审批工作，协调国家、省、市上报环评项目审批工作。
五、负责辖区的建设项目环评和环保“三同时”执行情况的监督，验收本级审批的环保“三同时”。
六、负责对辖区内除国控、省控以外的排污单位污染治理设施运行情况、限期治理项目执行情况进行现场监督检查。
七、负责辖区内“烟尘控制区”、“噪声达标区”的创建、巩固及环境综合整治工作。
八、负责辖区内污染物排放总量控制分解计划的编制，监督检查污染物减排工作落实情况。
九、负责辖区内除国控、省控以外的企业的环境监理，依法征收排污费；组织辖区内除国控、省控以外企业的排污申报登记、排污许可证、环境统计、环保宣传等日常工作。
十、协调处理辖区内的环境污染纠纷；调查处理辖区内除国控、省控以外的环境污染事故、生态破坏事件、群众来信来访；承办人大、政协环保议案、提案、意见。
十一、依法对辖区内除国控、省控以外的单位或个人执行环境保护法律、法规情况进行现场监督检查，对环境违法行为进行调查并依法实施处罚。
十二、承办市环保局、开发区管委会交办的其他工作。